（一）强调事项
如果认为内部控制虽然不存在重大缺陷，但仍有一项或多项重大事项需要提请内部控制审计报告使用者注意，注册会计师应当在内部控制审计报告中增加强调事项段予以说明。注册会计师应当在强调事项段中指明，该段内容仅用于提醒内部控制审计报告使用者关注，并不影响对内部控制发表的审计意见。
如果确定企业内部控制评价报告对要素的列报不完整或不恰当，注册会计师应当在内部控制审计报告中增加强调事项段，说明这一情况并解释得出该结论的理由。
（二）对期后事项的考虑
1.在基准日后至审计报告日前，内部控制可能发生变化，或出现其他可能对内部控制产生重要影响的因素。注册会计师应当询问是否存在这类变化或因素，并获取被审计单位关于这类变化或因素的书面声明。
2.如果知悉对基准日内部控制有效性有重大负面影响的期后事项，注册会计师应当对内部控制发表否定意见。如果注册会计师不能确定期后事项对内部控制有效性的影响程度，应当出具无法表示意见的内部控制审计报告。
3.如果管理层在评价报告中披露了基准日之后采取的整改措施，注册会计师应当在内部控制审计报告中指明不对这些信息发表意见。
4.注册会计师可能知悉在基准日并不存在、但在期后期间发生的事项。如果这类期后事项对内部控制有重大影响，注册会计师应当在内部控制审计报告中增加强调事项段，描述该事项及其影响，或提醒内部控制审计报告使用者关注企业内部控制评价报告中披露的该事项及其影响。
5.在出具内部控制审计报告后，如果知悉在审计报告日已存在的、可能对审计意见产生影响的情况，注册会计师应当按照准则的相关规定处理。如果被审计单位更正以前公布的财务报表，注册会计师应当按照准则的相关规定重新考虑以前发表的内部控制审计意见的适当性。
（三）非财务报告内部控制重大缺陷
如果在审计过程中注意到非财务报告内部控制缺陷，注册会计师应当区分具体情况予以处理：
（1）如果认为非财务报告内部控制缺陷为一般缺陷，注册会计师应当与企业进行沟通，提醒企业加以改进，但无须在内部控制审计报告中说明；
（2）如果认为非财务报告内部控制缺陷为重要缺陷，注册会计师应当以书面形式与企业董事会和管理层沟通，提醒企业加以改进，但无须在内部控制审计报告中说明；
（3）如果认为非财务报告内部控制缺陷为重大缺陷，注册会计师应当以书面形式与企业董事会和管理层沟通，提醒企业加以改进；同时应当在内部控制审计报告中增加非财务报告内部控制重大缺陷描述段，对重大缺陷的性质及其对实现相关控制目标的影响程度进行披露，提示内部控制审计报告使用者注意相关风险，但无须对其发表审计意见。
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