当对方代垫运费时，根据会计原则，这笔费用应计入“应付账款”科目。这是因为对方代垫运费实际上形成了企业的一项短期负债，企业需要在未来的某个时间点偿还这笔费用。
当企业收到对方代垫的运费发票时，会计分录应为：
借：“运输费用”或相关费用科目(根据运费发生的具体业务场景确定)，
贷：“应付账款——XX公司”(XX公司为代垫运费的对方单位)。这样做既体现了费用的发生，又明确了负债的存在。
在实际操作中，企业应注意及时与对方单位核对代垫运费金额，确保账务处理的准确性。当企业支付代垫运费时，应编制相应的付款凭证，并冲减“应付账款”科目的余额。
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