根据描述，第一季度已经交了所得税，并且第二季度也盈利，按累计数自动弥补亏损50万，那么第三季度的利润是0，累计利润总额和6月累计数一致。根据一般的会计处理原则，在累计利润为0的情况下，如果存在亏损额度需要进行弥补，那么第三季度的申报时应该继续弥补之前的亏损额度。因此，在这种情况下，第三季度的申报时应该再弥补50万，总共弥补100万。